| 1 | Zakaria Beglarishvili
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 36 | 21 |
| 2 | Robi Saarma
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 34 | 16 |
| 3 | Sten Reinkort
Kuressaare | Kuressaare | 36 | 15 |
| 4 | Konstantin Vassiljev
FC Flora | FC Flora | 31 | 13 |
| 5 | Rauno Alliku
FC Flora | FC Flora | 30 | 12 |
| - | Alex Matthias Tamm
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 27 | 12 |
| - | Denys Dedechko
JK Narva Trans | JK Narva Trans | 31 | 12 |
| 8 | Martin Miller
FC Flora | FC Flora | 33 | 11 |
| - | Nikita Ivanov
TJK Legion | TJK Legion | 33 | 11 |
| 10 | Danil Kuraksin
FC Flora | FC Flora | 31 | 10 |
| - | Kevin Mätas
Tammeka Tartu | Tammeka Tartu | 33 | 10 |
| - | Sergei Zenjov
FC Flora | FC Flora | 30 | 10 |
| - | Ats Purje
Kalev Tallinn | Kalev Tallinn | 32 | 10 |
| 14 | Ebrima Singhateh
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 21 | 9 |
| - | Deabeas Owusu Sekyere
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 18 | 9 |
| - | Aleksandr Volkov
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 33 | 9 |
| - | Kaimar Saag
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 29 | 9 |
| - | Mattias Männilaan
Kuressaare | Kuressaare | 28 | 9 |
| - | Kaspar Paur
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 35 | 9 |
| 20 | Foday Trawally
Kalev Tallinn | Kalev Tallinn | 24 | 8 |
| - | Mark Oliver Roosnupp
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 33 | 8 |
| 22 | Bubacarr Tambedou
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 18 | 7 |
| - | Liliu
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 16 | 7 |
| - | Otto-Robert Lipp
Kuressaare | Kuressaare | 32 | 7 |
| - | Kristofer Piht
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 28 | 7 |
| - | Ronaldo Tiismaa
Pärnu JK Vaprus | Pärnu JK Vaprus | 29 | 7 |
| - | Sander Laht
Kuressaare | Kuressaare | 32 | 7 |
| 28 | Mark Anders Lepik
FC Flora | FC Flora | 22 | 6 |
| - | Robert Kirss
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 30 | 6 |
| - | Oleksandr Kozhevnikov
JK Narva Trans | JK Narva Trans | 28 | 6 |
| - | Maksim Gussev
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 32 | 6 |
| - | Henrik Ojamaa
FC Flora | FC Flora | 28 | 6 |
| - | Volodymyr Priyomov
JK Narva Trans | JK Narva Trans | 31 | 6 |
| - | Pavel Domov
TJK Legion | TJK Legion | 29 | 6 |
| - | Kevin Kauber
Pärnu JK Vaprus | Pärnu JK Vaprus | 31 | 6 |
| - | Ioan Yakovlev
Kalev Tallinn | Kalev Tallinn | 33 | 6 |
| 37 | Aleksandr Sapovalov
FC Flora | FC Flora | 20 | 5 |
| - | Aleksandr Zakarlyuka
JK Narva Trans | JK Narva Trans | 22 | 5 |
| - | Markus Vaherna
TJK Legion | TJK Legion | 29 | 5 |
| - | Igor Subbotin
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 26 | 5 |
| - | Ken Kallaste
FC Flora | FC Flora | 25 | 5 |
| - | Henrik Pürg
FC Flora | FC Flora | 29 | 5 |
| 43 | Henri Käblik
Tammeka Tartu | Tammeka Tartu | 14 | 4 |
| - | Mechini Gomis
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 8 | 4 |
| - | Vladimir Avilov
Nõmme Kalju | Nõmme Kalju | 9 | 4 |
| - | Jevgeni Demidov
JK Narva Trans | JK Narva Trans | 23 | 4 |
| - | Sergei Mosnikov
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 26 | 4 |
| - | Marko Putincanin
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 17 | 4 |
| - | Markus Poom
FC Flora | FC Flora | 23 | 4 |
| - | Taaniel Usta
Pärnu JK Vaprus | Pärnu JK Vaprus | 21 | 4 |